Die Zusammenarbeit und der Erfahrungsaustausch zu Natura 2000 zwischen den EU-Staaten fördert eine einheitliche europäische Naturschutzpolitik, schafft eine verbesserte Umsetzung, wechselseitigen Informationsaustausch und Trainingsmöglichkeiten. Neben der parallelen Entwicklung des Emerald-Netzes unter der Berner Konvention ist das Netz Natura 2000 als europäisches Schutzgebietsnetz weltweit ein Vorbild im Rahmen der Umsetzung der Konvention zur Biologischen Vielfalt, so dass auch international Interesse am Erfahrungsaustausch und deutschen Umsetzungskonzepten besteht.

Projekte und Zusammenarbeit auf institutioneller Ebene gibt es z. B. mit dem Umweltbundesamt Wien, in Twinning-Projekten zur Natura 2000-Umsetzung und im Rahmen des Beratungshilfeprogramms für den Umweltschutz in den Staaten Mittel- und Osteuropas, des Kaukasus und Zentralasiens.

Innerhalb der EU findet zudem ein wichtiger Erfahrungsaustausch und die konzeptionelle Weiterentwicklung der Umsetzung der europäischen Naturschutz-Richtlinien über die Gremienarbeit in Brüssel in Arbeitsgruppen der Kommission statt.