Ziel des Monitorings nach Marktzulassung ist die Erfassung schädlicher Auswirkungen des GVO oder seiner Verwendung auf die menschliche Gesundheit und die Umwelt. Neben direkten, indirekten, sofortigen und späteren sowie langfristig kumulativen Wirkungen sollen auch unvorhergesehene Effekte ermittelt werden.

Die Freisetzungsrichtlinie 2001/18/EG unterscheidet zwischen einer fallspezifischen Beobachtung und einer allgemeinen Beobachtung.

Die fallspezifische Beobachtung dient der Überprüfung der Annahmen und Ergebnisse der Umweltrisikoprüfung des GVO, wobei insbesondere direkte und indirekte, sofortige und spätere Umweltwirkungen erfasst werden sollen.

Die allgemeine Beobachtung hat dagegen die Erfassung unvorhergesehener Wirkungen des GVO zum Ziel, auf die es in der Umweltrisikoprüfung keine Hinweise gab. Hierbei liegt der Schwerpunkt auf langfristigen und kumulativen Wirkungen. Jedoch können unvorhergesehene negative Effekte auch kurzfristig eintreten.

Während die Durchführung und der Umfang einer fallspezifischen Beobachtung von den Ergebnissen der Umweltrisikoprüfung abhängt, ist die allgemeine Beobachtung davon weitgehend unabhängig und ihre Umsetzung obligatorisch.

Die ergänzenden Leitlinien (2002/811/EG) legen fachliche Eckpunkte für die Erstellung eines Monitoringplans fest. Danach sind die Beobachtungspläne grundsätzlich fallspezifisch zu erstellen, das heißt die Beobachtung muss auf jeden einzelnen GVO und seine Verwendung zugeschnitten sein.