Die ergänzenden Leitlinien (2002/811/EG) geben den allgemeinen Rahmen für die Erstellung von Beobachtungsplänen vor. Sie legen jedoch keine Einzelheiten für die Entwicklung von Überwachungsplänen fest. Vielmehr sollen die Leitlinien durch spezifische Zusatzleitlinien für Beobachtungspläne oder Checklisten in Bezug auf bestimmte Merkmale, Kulturpflanzen oder Gruppen von GVO ergänzt werden.

Um diese Aufgabe zu erfüllen und um eine EU-weite Harmonisierung des GVO-Monitoring zu erreichen, hat die Kommission 2004 bis 2008 eine  Arbeitsgruppe eingerichtet, in der Expertinnen und Experten aus den Europäischen Mitgliedstaaten, Norwegen und der Schweiz vertreten waren.

Das Mandat der Arbeitsgruppe umfasst neben der Erarbeitung konkreter Parameterlisten ( Bt-Mais ;  HR-Raps;  Stärke-veränderte Kartoffel ;  Explanatory notes ) die Beobachtung von Umweltwirkungen gentechnisch veränderter Organismen Aspekte der Organisation und Umsetzung des Monitorings sowie die Konzeptentwicklung für eine  EU-weite Datenkoordination.

Arbeitsschwerpunkte wurden zunächst auf die Erstellung von Parametersets für die im Genehmigungsprozess befindlichen Kulturpflanzen Bt-Mais, HR-Raps und stärkeveränderte Kartoffeln gelegt. Darüber hinaus werden die Anforderungen an die  allgemeine Beobachtung, die Eignung bestehender Beobachtungsprogramme der Mitgliedstaaten für das Monitoring und die europaweite Datenkoordination bearbeitet.